Organami Szkoły są Dyrektor i Rada Szkoły.

W dniu 8 października 2016 roku Prezes Rady Ministrów Beata Szydło powołała Wojciecha Federczyka na stanowisko Dyrektora Krajowej Szkoły Administracji Publicznej im. Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Lecha Kaczyńskiego.

Dyrektor kieruje Szkołą przy pomocy nie więcej niż trzech zastępców, których powołuje i odwołuje po zasięgnięciu opinii Rady Szkoły. Dyrektor jest odpowiedzialny za gospodarowanie mieniem Szkoły.

Rada Szkoły jest organem wnioskującym, doradczym i opiniującym Szkoły.
Rada liczy nie więcej niż 25 członków.

W skład Rady wchodzą: minister właściwy do spraw administracji publicznej, minister właściwy do spraw finansów publicznych, minister właściwy do spraw zagranicznych, minister właściwy do spraw szkolnictwa wyższego, Szef Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, Szef Służby Cywilnej - którzy mogą działać za pośrednictwem wyznaczonego zastępcy.

Prezes Rady Ministrów zaprasza do udziału w Radzie Szefa Kancelarii Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej, Prezesa Najwyższej Izby Kontroli oraz Prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Prezes Rady Ministrów, na wniosek dyrektora, może powołać do Rady kierowników urzędów administracji publicznej i dyrektorów generalnych urzędów.

Prezes Rady Ministrów, na wniosek dyrektora, powołuje do Rady także wybitnych przedstawicieli nauki, praktyki i środowisk opiniotwórczych na pięcioletnią kadencję. W skład Rady mogą być powoływane również osoby zatrudnione w Szkole.

Prezes Rady Ministrów może odwołać członków Rady, o których mowa w ustawie.